Heute Abend hat mich meine Owncloud mit folgendem freundlichen Hinweis begrüßt:
Downgrading is not supported and is likely to cause unpredictable issues (from 8.2.1.4 to 8.1.5.12)
Und natürlich war ich mir keiner Schuld bewusst :)
Also mit SSH auf den Server und nachsehen. Es stellte sich heraus, dass die in /var/www/html/owncloud/version.php und /var/www/html/owncloud/config/config.php unterschiedlich sind.
Google bringt einen dann schnell darauf, das man sich sowas schnell einhandelt, wenn man owncloud mal mittel Paktemanager (also yum oder apt-get) installiert, und mal manuell (also von owncloud.org herunterladen und auspacken).